Đánh giá khả năng ức chế các đích phân tử virus SARS-CoV-2 của các hợp chất trong cây Xuyên tâm liên bằng phương pháp docking phân tử

Các tác giả

  • Tạ Thị Thu Hằng, Nguyễn Bảo Kim, Nguyễn Hồng Nhung, Vũ Khánh Linh, Đỗ Thị Hồng Khánh
  • Phan Văn Ngọc
  • Nguyễn Thanh Hải, Bùi Thanh Tùng*

Từ khóa:

ACE2, Andrographis paniculataagainst, docking, in silico, phân tử, protein S, RdRp, SARS-CoV-2, 3CLpro

Tóm tắt

COVID-19là một bệnh truyền nhiễm liên quan đến viêm đường hô hấp cấp do virus SARS-CoV-2 gây ra. Cơ chế xâm nhập và lây nhiễm của nó được biết đến thông qua protein S, 3CLpro, enzym chuyển đổi angiotensin 2 (ACE2) và ARN polymerase phụ thuộc RNA (RdRp). Vì thế, chúng là các đích quan trọng trong sự ức chế lây nhiễm virus SARS-CoV-2. Cây Xuyên tâm liên (Andrographis paniculata) được chứng minh là có khả năng ức chế sự nhân lên của một số virus. Nghiên cứu này đánh giá tác dụng ức chế các đích protein S, 3CLpro, ACE2 và RdRp của các hợp chất trong cây Xuyên tâm liên bằng phương pháp docking phân tử. Cấu trúc 3D của RdRp, main protease (3CL
pro), protein S và ACE2 được lấy từ Ngân hàng dữ liệu protein RCSB. Các hợp chất được thu thập từ các tài liệu về thành phần hóa học của cây Xuyên tâm liên và các cấu trúc này được lấy từ cơ sở dữ liệu PubChem. Thực hiện docking phân tử bằng phần mềm Autodock vina. Luật 5 Lipinski được sử dụng để đánh giá khả năng đặc tính giống thuốc của các hợp chất. Thông số dược động học của các hợp chất tiềm năng được đánh giá qua công cụ pkCSM. Dựa trên các công bố trước đây về cây Xuyên tâm liên, 22 hợp chất thu thập được là thành phần hóa học chính có trong cây. Kết quả
cho thấy, hợp chất 3-O-beta-D-Glucopyranosyl-14,19-dideoxyandrographolide có tác dụng ức chế mạnh trên cả 2 đích RdRp và enzym 3CLpro của virus SARS-CoV-2. Phân tích dựa trên luật 5 Lipinski cho thấy, hợp chất 3-O-beta-D-Glucopyranosyl-14,19-dideoxyandrographolide có đặc tính giống thuốc. Ngoài ra, kết quả dự đoán thông số dược động học cho thấy, hợp chất này có khả năng hấp thu ở ruột rất tốt và độc tính thấp. Vì vậy, 3-O-beta-D-Glucopyranosyl-14,19-dideoxyandrographolide là hợp chất tiềm năng có thể trở thành thuốc điều trị COVID-19từ cây Xuyên tâm liên.

DOI:

https://doi.org/10.31276/VJST.64(12).39-47

Chỉ số phân loại

3.4

Tiểu sử tác giả

Tạ Thị Thu Hằng, Nguyễn Bảo Kim, Nguyễn Hồng Nhung, Vũ Khánh Linh, Đỗ Thị Hồng Khánh

Trường Đại học Y Dược, Đại học Quốc gia Hà Nội, 144 Xuân Thủy, phường Dịch Vọng Hậu, quận Cầu Giấy, Hà Nội, Việt Nam

Phan Văn Ngọc

Công ty Cổ phần Dược phẩm Quảng Bình, 46 Hữu Nghị, phường Bắc Lý, thành phố Đồng Hới, tỉnh Quảng Bình, Việt Nam

Nguyễn Thanh Hải, Bùi Thanh Tùng*

Trường Đại học Y Dược, Đại học Quốc gia Hà Nội, 144 Xuân Thủy, phường Dịch Vọng Hậu, quận Cầu Giấy, Hà Nội, Việt Nam

Tải xuống

Đã xuất bản

2022-12-25

Ngày nhận bài 4/7/2022; ngày chuyển phản biện 8/7/2022; ngày nhận phản biện 20/7/2022; ngày chấp nhận đăng 25/7/2022

Cách trích dẫn

Tạ Thị Thu Hằng, Nguyễn Bảo Kim, Nguyễn Hồng Nhung, Vũ Khánh Linh, Đỗ Thị Hồng Khánh, Phan Văn Ngọc, & Nguyễn Thanh Hải, Bùi Thanh Tùng*. (2022). Đánh giá khả năng ức chế các đích phân tử virus SARS-CoV-2 của các hợp chất trong cây Xuyên tâm liên bằng phương pháp docking phân tử. Bản B của Tạp Chí Khoa học Và Công nghệ Việt Nam, 64(12). https://doi.org/10.31276/VJST.64(12).39-47