Đặc điểm dịch tễ học phân tử của các chủng E. coli mang gen mcr-1 phân lập từ phân người khỏe mạnh, phân động vật nuôi, thức ăn và nước tại xã Thanh Hà, huyện Thanh Liêm, tỉnh Hà Nam

Tóm tắt

Colistin là kháng sinh ưu tiên quan trọng được sử dụng cho các trường hợp nhiễm khuẩn gram âm đường ruột kháng carbapenem. Các chủng E. coli mang gen kháng colistin (mcr-1) được ghi nhận trên toàn thế giới ở cả người, động vật và môi trường với các cơ chế kháng rất đa dạng từ kháng nội tại, đột biến và vận chuyển gen [1]. Xác định các đặc điểm dịch tễ học về tình trạng lây lan giữa các chủng có chứa mcr-1 là vấn đề rất cần thiết. Giải trình tự toàn bộ bộ gen của 87 chủng E. coli phân lập từ bệnh phẩm phân người khỏe mạnh và môi trường từ cộng đồng cho thấy, gen mcr-1 của các chủng E. coli phân lập từ cộng đồng trong nghiên cứu nằm trên cả nhiễm sắc thể (NST) và plasmid, tỷ lệ gen mcr-1 nằm trên plasmid cao hơn nhiều so với nằm trên NST (71,3% so với 26,4%, p<0,001). 100% chủng E. coli đều mang gen mcr-1 có subtype mcr-1.1. Các plasmid có kích thước rất đa dạng (từ <50 kb đến >300 kb). Có 7 loại replicon đơn mang gen mcr-1 được phát hiện từ 29 chủng, bao gồm IncI2 (n=7, 10,9%), IncP (n=7, 10,9%), IncX4 (n=5, 7,8%), IncFIA (n=3, 4,7%), IncHI1B (n=3, 4,7%), IncN (n=1, 1,6%) và IncX1 (n=1, 1,6%), được tìm thấy ở người, động vật và nước. Có 21 loại multi-replicon khác nhau với sự kết hợp của các loại plasmid IncFIA, IncFIB, IncHI1B, IncHI2, IncN, IncY, IncX1 và IncI2 được tìm thấy trong 31 chủng E. coli ở người, động vật và nước. Có 56 sequence types (STs) khác nhau, trong đó ST10 (n=10, 11%), ST48 (n=9, 9%) và ST206 (n=8, 8%) là các STs thường gặp.