Nghiên cứu phát triển chỉ thị phân tử SSR đặc hiệu họ gen NBS-LRR cho chanh leo Passiflora edulis Sims

Tóm tắt

Thành tựu của công nghệ giải trình tự gen đã tạo nguồn dữ liệu phong phú và giá trị cho các phân tích tin sinh học nhằm phát triển chỉ thị phân tử phục vụ nghiên cứu di truyền và chọn tạo giống ở các loài cây trồng, trong đó có cây chanh leo (Passiflora edulis Sims). Trong nghiên cứu này, dựa trên dữ liệu trình tự họ gen kháng NBS-LRR đã được xác định từ hệ gen chanh leo, phân tích in-silico lựa chọn và thiết kế chỉ thị SSR đặc hiệu cho các locus microsatellite tiềm năng cũng như phân tích thực nghiệm kiểm chứng tính đa hình của các chỉ thị SSR đã được triển khai. Tổng số 497 locus microsatellite đã được xác định từ trình tự 161 gen NBS-LRR, từ đó 383 chỉ thị SSR đặc hiệu họ gen NBSLRR được thiết kế cho chanh leo. Qua sàng lọc thực nghiệm 46 chỉ thị SSR đặc hiệu cho 35 gen NBS-LRR tiềm năng có biểu hiện gen liên quan đến các stress sinh học và phi sinh học đã xác định được 25 chỉ thị tạo băng alen ổn định và đa hình giữa các mẫu giống chanh leo khi phân tích PCR-PAGE. Các chỉ thị SSR đặc hiệu gen kháng NBS-LRR mới này là công cụ bổ sung cho các nghiên cứu đánh giá nguồn gen, lập bản đồ di truyền và chọn tạo giống chanh leo kháng bệnh bằng chỉ thị phân tử.