Phát hiện và giám định nhanh vi khuẩn Xanthomonas axonopodis pv. manihotis gây bệnh vi khuẩn tàn lụi sắn bằng kỹ thuật PCR

Tóm tắt

Sắn (Manihot esculenta Crantz) là một trong những loại cây trồng quan trọng ở Việt Nam, cung cấp tinh bột và nguyên liệu thô phục vụ sản xuất nhiên liệu sinh học. Bệnh vi khuẩn tàn lụi sắn do Xanthomonas axonopodis pv. manihotis gây ra, đã ảnh hưởng đến sản xuất sắn tại Việt Nam. Trong nghiên cứu này, kỹ thuật PCR đã được áp dụng với 2 cặp primer rpoD_17F/rpoD_1005R và XgyrconpcrF1/Xgyrconrpcr1 đặc hiệu cho gen rpoD và gyrB tương ứng và sử dụng ADN tổng số được chiết xuất trực tiếp từ vết bệnh không qua bước phân lập và nuôi cấy vi khuẩn gây bệnh trên môi trường nhân tạo. Hai cặp primer đã khuếch đại đoạn ADN khoảng 900 bp từ 30 mẫu lá biểu hiện triệu chứng bệnh vi khuẩn tàn lụi. Sản phẩm PCR được giải trình tự trực tiếp và kết quả cho thấy, tất cả các trình tự ADN đều đồng nhất. Kết quả phân tích dựa trên trình tự gen rpoD hoặc gyrB đều có độ tương đồng 100% với 2 gen này của vi khuẩn X. axonopodis pv. manihotis gây bệnh vi khuẩn tàn lụi tại Đồng Nai (mã số MF774491 và MF774490 đối với gen rpoD và gyrB, tương ứng) và trên thế giới. Phân tích ADN và cây phả hệ đã khẳng định vi khuẩn X. axonopodis pv. manihotis là nguyên nhân gây bệnh vi khuẩn tàn lụi sắn tại huyện Krông Pắc, M’Đrăk và Ea Kar, tỉnh Đắk Lắk. Đây là quy trình nhanh, có độ nhạy cao trong việc phát hiện và định loại loài X. axonopodis pv. manihotis gây bệnh vi khuẩn tàn lụi sắn không qua bước phân lập, nuôi cấy và làm thuần vi khuẩn gây bệnh.