Đánh giá giải trình tự gen thế hệ mới trong xác định lao kháng thuốc và khảo sát dòng vi khuẩn lao tại Bệnh viện Phổi Trung ương

Tóm tắt

Mục tiêu: Đánh giá kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới (NGS) sử dụng bộ kit Deeplex Myc-TB trong xác định lao kháng thuốc và khảo sát dòng vi khuẩn lao tại Bệnh viện Phổi Trung ương. Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: Nghiên cứu thực hiện trên 79 chủng vi khuẩn lao kháng thuốc được lưu tại kho chủng Khoa Vi sinh và Labo Lao chuẩn Quốc gia, Bệnh viện Phổi Trung ương bằng kỹ thuật NGS sử dụng bộ kit Deeplex Myc-TB trên nền tảng Illumina. Kết quả: Kỹ thuật NGS có độ tương đồng cao so với kỹ thuật kháng sinh đồ kiểu hình, đặc biệt đối với thuốc isoniazid và streptomycin. Các thuốc có độ tương đồng thấp hơn lần lượt là ethambutol, rifampicin, pyrazinamide, amikacin, kanamycin. Kết quả phân tích dịch tễ phân tử cho thấy, dòng lineage 2 (Beijing) chiếm ưu thế (84,8%). Tỷ lệ nhiễm hỗn hợp 41,8% chủ yếu ở cặp lineage 2 và lineage 2.2.1, phản ánh mối quan hệ loài gần và đa dạng tiến hóa của vi khuẩn. Kết luận: Kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới có độ đồng thuận cao so với kỹ thuật kháng sinh đồ kiểu hình lỏng MGIT. Kết quả dịch tễ phân tử cho thấy, dòng lineage 2 (Beijing) chiếm ưu thế, phù hợp với xu hướng lưu hành của chủng này tại Việt Nam. Ngoài ra, tỷ lệ nhiễm hỗn hợp 41,8% nhưng phần lớn là cặp lineage 2 và lineage 2.2.1 có quan hệ gần phản ánh đa dạng tiến hóa vi mô hơn so với việc nhiễm hai chủng độc lập.