Sàng lọc in silico các chất ức chế tiềm năng của enzyme FabI từ Staphylococcus aureus

Tóm tắt

Nghiên cứu này nhằm phát hiện các chất ức chế tiềm năng mới của enzyme FabI (enoyl-acyl carrier protein reductase) từ Staphylococcus aureus thông qua tích hợp mô hình pharmacophore, docking phân tử và mô phỏng động lực học phân tử (MD). Dựa trên tương tác giữa FabI và chất đối chứng AFN-1252 (N-(2-methylphenyl)-5-methyl-3-phenyl-4-isoxazolecarboxamide), một mô hình pharmacophore gồm 5 đặc điểm phân tử được xây dựng và sử dụng để sàng lọc trên 13 triệu hợp chất từ thư viện ZINC. Có 2.216 hợp chất thỏa mãn mô hình (RMSD≤1 Å) được thực hiện docking giữ nguyên cofactor NADPH (nicotinamide adenine dinucleotide phosphate) bằng phần mềm AutoDock Vina. 13 hợp chất có điểm docking bằng hoặc thấp hơn AFN-1252 (-11,2 kcal/mol), trong đó bốn hợp chất tương tác đồng thời với NADPH và các amino acid quan trọng được chọn để mô phỏng MD và tính toán năng lượng liên kết theo phương pháp MM-PBSA (Cơ học phân tử, diện tích bề mặt Poisson-Boltzmann). Kết quả cho thấy, các phân tử này duy trì tương tác với các gốc amino acid và NADPH. Đặc biệt, ligand 760 thể hiện độ ổn định cao và năng lượng liên kết -18,99 kcal/mol, cho thấy tiềm năng phát triển thành chất ức chế FabI có hoạt tính kháng khuẩn.